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间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针，报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如地高6辛，生物素。结合地高6辛抗6体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。地高6辛标记核酸的历史可追溯到1987年，由于地高6辛是洋地黄的花和叶中特有的成分，检测时使用的地高6辛抗6体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。地高6辛抗6体上可耦联碱性磷酸酶、过氧化酶，及荧光分子和胶体金等，根据不同的应用需求，呈现高信噪比的核酸检测结果。但需注意，由于引入了免6疫检测反应，在放大检测灵敏度的同时，应注意样品内源性酶的灭活，以降低检测背景。

通过不同标记方法的联合应用，还可在同一样本中实现染色体不同区域或细胞样本中不同RNA序列的多重检测。

使用分支DNA信号扩增的RNA FISH

Invitrogen™ ViewRNA™和PrimeFlow™检测是使用分支DNA信号扩增 (bDNA) 来检测特异性信号的直接荧光RNA ISH方法。 使用独立但兼容的信号扩增系统让RNA靶标的多重复用成为可能。 荧光RNA原位杂交检测分为四个主要步骤：样本制备、靶标杂交、信号扩增以及检测。 该方法可实现更高的特异性，更低的背景值和更高的信噪比。

另一种多聚体促进剂是聚丙0烯0酸，用其钠盐，浓度为2%～4%。与硫酸葡聚糖相比，其优点是价格低廉，粘度低（MW=90 000）。小分子化学试剂酚和Guandine thiocyanate也能促进杂交，它们可能是通过增加水的疏水性和降低双链和单链DNA间的能量差异而发挥作用。酚作为杂交促进剂，只能在低DNA浓度的液相杂交中观察到，该方法曾被称为酚乳化复性技术，该法不能用于固相杂交，因酚可引起核酸与膜的非特异吸附作用，即使在液相杂交中的应用也是有限的。而Guandine thiocyanate可通过降低双链DNA的Tm值而起作用。此外，该分子还可以促进RNA的杂交，有裂解细胞而抑制RNase的作用。总之，硫酸葡聚糖和聚乙二醇因能用于固相杂交是目前zui常用的杂交促进剂。