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原位杂交是指；分子杂交的一种形式。由未经抽提分离的染色体DNA，在原来位置上被变性成单链后，与探针进行分子杂交。1977年由本顿(W.D.Benton)和戴维斯(R.W.Davis)在原分子杂交基础上发展的一种较新的分子杂交技术。方法是将菌落或噬菌斑转移到硝9酸纤维素滤膜上，使在原位发生溶菌后变性的DNA，同滤膜原位结合，再与有放5射性同位素标记的特定核苷酸“探针”杂交，其结果可用放5射自显影来显示，出现银粒的地方便是待测染色体DNA上与探针互补顺序所在的位置。对快速检测转化群落中的DNA序列或任何一种插入的DNA序列，以及动植物的基因定位工作，都具有广泛应用价值。(见“分子杂交”、“放5射自显影”、“影印培养技术”)




荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization, FISH）是一种分子细胞遗传学技术，是20世纪80年代末期发展起来的一种非放6射性原位杂交技术。目前这项技术已经广泛应用于动植物基因组结构研究、染色体结构变异分析、病毒感5染分析、人类产前诊断、肿5瘤遗传学和基因组进化研究等许多领域。FISH的基本原理是用荧光标记的单链核酸为探针，与待检材料中未知的单链核酸进行特异性结合，形成可被检测的杂交双链核酸。可用荧光标记的探针直接与染色体进行杂交从而对基因进行染色体定位。




惰性多聚体可用来促进250个碱基以上的探针的杂交率。对单链探针可增加3倍，而对双链探针、随机剪切或随机引物标记的探针可增加高达100倍。而短探针不需用促进剂，因其复杂度低和分子量小 ，短探针本身的杂交率就高 。硫酸葡聚糖是一种广泛用于较长双链探针杂交的促进剂。这是一种多聚胺，平均分子量为500 000。另一种常见的促进剂是聚乙二醇（PEG），PEG分子量小（6000～8000）、粘度低、价格低廉，但它不能完成取代硫酸葡聚糖。在某些条件下5%～10%硫酸葡聚糖效果较好，若用5%～10%PEG则可产生很高的本底。因此，使用促进剂时有必要优化条件。