明世宗嘉靖三十年（1551年），李时珍33岁时，因治好了富顺王朱厚焜儿子的病而医名大显，被武昌的楚王朱英裣聘为府的“奉祠正”，兼管良医所事务。明嘉靖三十五年（1556年）李时珍又被推荐到太医院工作。授“太医院判”职务。三年后，又被推荐上京任太医院判。任职一年，便辞职回乡。关于李时珍这一段在太医院工作的经历，史学界有诸多争论，有人认为李时珍曾出任太医院院判（正六品），但也有人认为他只是担当御医（正八品）。无论其职位高低，李时珍被荐于朝是不可否认的事实。太医院的工作经历，有可能给他的一生带来了重大影响，为编写《本草纲目》打下基础。这期间，李时珍积极地从事药研究工作，经常出入于太医院的药及御药库，认真仔细地比较、鉴别各地的药材，搜集了大量的资料，同时还有机会饱览了府和皇家珍藏的丰富典籍，包括《本草品汇精要》。与此同时从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的物标本，开阔了眼界，丰富知识。