Y型分子筛类似金刚石的密堆六方晶系结构。若以β笼为结构单元，取代金刚石的碳原子结点，且用六方柱笼将相邻的两个β笼联结，即用4个六方柱笼5个β笼联结在一起，其中一个β笼居中心，其余4个β笼位于正四面体顶点，就形成了八面体沸石型的晶体结构。用这样结构继续连结下去，就得到Y型分子筛结构。在这种结构中，由β笼和六方柱笼形成的大笼为八面沸石笼，他们相通的窗孔为十二元环，其平均有效孔径为0.74nm，这就是Y型分子筛的孔径。X型分子筛和Y型分子筛结构完全相同，只是Y型分子筛硅铝比高，水热稳定性强，因而用途更加广泛。

    经后处理改性的Y型分子筛是流化催化裂化催化剂的主活性组分。Y型分子筛也用于加氢裂化、异构化及烷基化催化剂中。未经交换改性的NaY分子筛是一种高效的干燥剂。