生物净化池，主要的作用是降解氨氮，养殖密度比较高的大棚建议增加这一级生物净化，池内也是安装弹性生物滤料，生物滤料采用规格为直径150×0.5比表面积296平方米的弹性立体填料，生物滤料的数量根据循环水系统所增加的的生物承载量确定。

脱气池，在生物净化池后面设置了脱气池，在脱气的过程中同时进行末级生物净化，用于驱除水中的二氧化碳和氮气等有害气体使水中的总气体水平和水质接近和优于新鲜的自然海水，对水质要求比较高和养殖密度比较高的大棚建议采用脱气池。池内的脱气填料亦采用规格为直径150×0.5比表面积296平方米的弹性立体填料，脱气填料的数量根据循环水系统的生物净化填料来确定，一般为系统的1/4左右。底部设曝气装置，采用小型鼓风机供气。