膜结构清洁时应确保不损坏PVDF或FEP等涂层膜材的外表处理层。因而，不能运用擦洗剂、强溶剂、硬刷和高压水枪。与家用番笕或餐具清洁剂比较，通常的膜结构资料清洁剂通常是相对安全的，但也有必要防止其与肌肤、双眼和粘膜的长时间触摸。此外，膜结构清洁人员在屋面行走时也许对膜材形成危害。膜面在湿润状态下会很滑，因而应运用安全绳及防坠网等安全办法。考虑到在清洁膜结构老旧修建时也许发生开裂等损坏，故应在其下安置安全网。