废水经过缺氧段的处理后进入好氧段。在好氧段，由于废水中所含氨氮较高而COD较低。在这里进行的主要是硝化反应，在好氧段需投加纯碱溶液提供硝化反应所需的碱度。废水经过好氧段的处理后，氨氮基本可全部转化为盐氮（盐氮通过回流至缺氧段，在缺氧段最终转化为氮气后得到有效脱氮），同时，有机物得到进一步的降解，使最终出水COD达标。废水经生化系统处理出来后，经过混凝沉淀池进行泥水分离，在混凝部分投加聚合氯化铝或者聚合氯化铝铁，以增加沉淀部分污泥的沉淀性能，并且进一步降低出水COD。