环境污染治理设施运营资质分为生活污水、工业废水、除尘脱硫脱硝、工业废气、工业固体废物（不含危险废物）、有机废物、生活垃圾、自动连续监测等类别。
自动连续监测设施运营资质分为乙级资质和临时资质两个级别，其他环境污染治理设施运营资质分为资质、乙级资质和临时资质三个级别。
第五条 【监督管理】 环境保护主管部门对环境污染治理设施运营实施统一监督管理，并对省级环境保护主管部门的环境污染治理设施运营管理活动进行和监督。
县级以上地方环境保护主管部门对环境污染治理设施运营资质持证单位（以下简称持证单位）及其运营活动实施监督管理。
第六条 【运营培训】 从事环境污染治理设施运营的现场管理人员和现场操作人员，应当按照环境保护主管部门的规定，参加的培训与考核。
环境保护主管部门制定统一的环境污染治理设施运营现场管理人员和现场操作人员培训、考核规范。省级环境保护主管部门负责组织环境污染治理设施运营现场管理人员和现场操作人员的培训、考核
【资质效力】 环境污染治理设施运营资质、乙级资质和临时资质全国通用。各地不得在环境保护主管部门规定的条件之外，以任何名义设置资质审批前置条件，也不得在审批过程中收取任何费用。
集团公司和具备立法人的分公司，应当依照本办法的规定，分别申请环境污染治理设施运营资质。
环境污染治理设施所在地环境保护主管部门不得要求持证单位及其非立法人的分公司重复申领运营资质证书或者申请其他类似的运营许可。
环境污染治理设施运营资质不得转让。禁止、变造环境污染治理设施运营资质证书。

运营管理
第十七条【运营要求】 持证单位可以按照环境污染治理设施运营资质证书规定的类别，在全国范围内承接环境污染治理设施运营业务。
第十八条【技术评估】 持证单位接受环境污染治理设施委托运营前，应当对该设施是否具备稳定运行和达标排放的必要条件进行技术评估，并以此作为签订委托服务合同的依据。
第十九条【委托运营合同】 持证单位从事环境污染治理设施运营活动，应当与委托单位签订委托运营合同，明确双方的权利和义务。
持证单位应当在委托运营合同签订后30日内，填写环境污染治理设施委托运营项目备案表，报设施所在地县级环境保护主管部门备案。
第二十条【对持证单位要求】 持证单位应当依照委托运营合同的约定和国家有关环境保护的规定，保证环境污染治理设施正常运行，确保排放的污染物符合国家和地方规定的污染物排放标准，防止产生环境污染。
第二十一条【年度评估】 持证单位应当在每年12月31日前对所运营的环境污染治理设施运行状况、设施完好情况、污染物排放达标情况、二次污染防治情况、设施运行中存在的问题及其整改方案等进行年度评估，并填写环境污染治理设施运营情况年度报告表。
第二十二条【运行考核】 省级环境保护主管部门负责对在本行政区域内登记的持证单位及其运行的环境污染治理设施项目情况进行年度管理考核。

【资质变更】 持证单位分立、合并，或者变更法人名称、法定代表人、登记地址等事项的，应当在领取新营业执照或者新事业单位法人证书后30日内，向原发证机关申请办理变更手续，填写环境污染治理设施运营资质证书变更申请表，并提交下列材料：
（一）变更后工商行政管理部门颁发的营业执照复印件或者事业单位登记管理机关颁发的事业单位法人证书复印件；
（二）原发证机关颁发的环境污染治理设施运营资质证书正、副本；
（三）单位发生分立、合并的，还应当提供技术人员技术书复印件、现场操作人员岗位培训证书复印件和聘用合同复印件。

【资质有效期及其延续】 环境污染治理设施运营资质和乙级资质有效期为5年，临时资质有效期为2年。
持证单位在环境污染治理设施运营资质或者乙级资质有效期内的各年度管理考核中，没有违反法律法规或者违反本办法规定的行为，可以在资质有效期满前60日内，向原发证机关申请资质延续，换发证书。
环境污染治理设施运营临时资质有效期满后自动失效，不予延续。具备相应条件的，临时资质持证单位可以按照本办法第七条、第八条的规定，申请乙级资质或者资质。
调整后的资质审批两级管理制度有以下特点:一是坚持了运营资质统一监督管理的原则，实行管理程序、认定条件、运营要求、培训考试要求、证书格式等五个统一；二是提高资质审批标准，引导业态向集约化方向发展，有利于促进运营企业做大做强；三是下放乙级、临时资质审批权限，既明确了省级环保部门的审批权力，同时对其审批及责任也进行了明确，做到责任和权力的统一，对运营资质的审批及其将起到很好的促进作用，从而推动设施运营服务业的发展。