1、好氧发酵的优点

①发酵速度快，可以充分利用物料中的无机氮源，如尿素、硫酸铵等来合成菌体蛋白，有利于提高真蛋白质的含量，但提高量不大，一般可以提高5%左右。

②可以更好的产生生物活性物质，如酶、未知生长因子，并促进了物料的分解利用。

③微生物繁殖速度也更快，生成的益生菌数量更多。

④好氧发酵可以生产高附加值的产品，如液体深层搅拌发酵生产液体酶制剂、生产抗生素、高价值益生菌。

2、好氧发酵的缺点

①设备投资巨大，如果采用浅层发酵法，依靠空气对流来导入空气，则占地面积大，只能辅成5公分左右进行发酵。

②技术要求高，一般人无法掌握。

④易污染杂菌，成功率不高，常常有氨气产生。

⑤物料损耗大，不能起到保存作用，如100斤的物料发酵虽然发酵可提高5%以内的菌体蛋白，但好氧发酵的细胞壁很厚，因而很难利用微生物菌体蛋白质，或者说其菌体蛋白消化吸收率不高。