次氯酸钠发生器的灭菌杀病毒原理大致有如下三种作用方式：

次氯酸钠发生器消杀最主要的作用方式是通过它的水解形成次氯酸，次氯酸再进一步分解形成新生态氧[O]，新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，次氯酸钠发生器从而致死病源微生物。其实，氯气消毒的原理也主要是以产生出次氯酸，然后释放出新生态氧[O]的方式。

根据化学测定，PPM级浓度的次氯酸钠发生器在水里几乎是完全水解成次氯酸，次氯酸钠发生器其效率高于99.99%。其过程可用化学方程式简单表示如下：

NaClO + H2O ＝ HClO + NaOH

HClO → HCl + [O]

其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，次氯酸钠发生器不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内，与菌（病毒）体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应，次氯酸钠发生器从而杀死病原微生物。