癸甲溴铵通过其所带的正电荷与微生物细胞膜上的带负电荷的基团生成电价键，电价键在细胞膜上产生应力，导致溶菌作用和细胞的死亡；还能透过细胞膜进入微生物体内，使蛋白质变性，导致微生物代谢异常，致使细胞死亡；它还能溶解损伤微生物体表面的细胞壁，使微生物死亡。

本品能杀灭各种病毒、细菌、霉菌、真菌等致病微生物，且消毒力不受有机物污染影响，也不受光、热、硬水、酸碱度、温度、湿度等的影响。药效持续时间长，使用后可持续10~14天效力，是公认的饮水消毒、水质改良及控制禽畜疾病的专用消毒剂。